quiero formar parte de este mundo

Que tal!

Pues tengo ese detalle de que no obtengo correctamente la referencia al control con el javascript.

Para esto uso una master page con un ContentPlaceHolder y ya dentro de este ultimo agrego los controles a mis aspx.

Lo que quiero hacer es pedir la confirmación de que un archivo a subir es correcto o no, si lo es se ejecuta este código en el aspx.vb:

Protected Sub Button3_Click(ByVal sender As Object, ByVal e As System.EventArgs) Handles Button3.Click
       If TextBox2.Text = "si" Then
           Dim TargetPath As String = "c:\mi_ruta\pub\" + Session("mi_sesion") + "\" & Path.GetFileName(FileUpload1.PostedFile.FileName)
           FileUpload1.PostedFile.SaveAs(TargetPath)
           TextBox3.Text = "" & FileUpload1.FileName.Substring(0) & ""
       Else
           MsgBox("Verifique o corriga su archivo ", MsgBoxStyle.Information, "Información")
       End If
   End Sub

Ese msgbox lo estoy dejando mientras para saber a donde entra en el IF.

En el page load tengo:

Protected Sub Page_Load(ByVal sender As Object, ByVal e As System.EventArgs) Handles Me.Load
       Button3.Attributes.Add("OnClick", "Msg_Confirma('¿Es correcto el archivo?');")
       End Sub

El javascript dentro de la master page:

function Msg_Confirma(Mensaje)
{
var truthBeTold = confirm(Mensaje);
if (truthBeTold) {
alert("si");
document.getElementById("ctl00_ContentPlaceHolder1_TextBox2").Text="si";
}
else {
alert("no");
document.getElementById("ctl00_ContentPlaceHolder1_TextBox2").Text="no";
}
}

Los alert en caso de "si" o "no" funcionan, pero no cambia el valor del texbox para que evalue correctamente el IF dentro del aspx.vb.

Como se nota estoy haciendo la referencia como mencionas que no se debe hacer, entonces donde iria el código $get('<%= TextBox1.ClientID %>') que comentas???